Na terenie naszego Nadleśnictwa występują dwa typy obszarów NATURA 2000:

- obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO), wyznaczone do ochrony populacji dziko występujących ptaków,

- specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO), chroniące siedliska przyrodnicze i gatunki roślin i  zwierząt.

W skład obszaru specjalnej ochrony ptaków (OSO) wchodzi Dolina Środkowej Noteci i Kanału Bydgoskiego (kod obszaru PLB 300001). W obrębie obszaru znajdują się 2 ostoje ptaków o randze europejskiej: E37 (Stawy Ostrówek i Smogulec) i E38 (Stawy ślesin i Występ). Na wskazanym obszarze występuje co najmniej 18 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej i 8 gatunków  z Polskiej Czerwonej Księgi Zwierząt. W okresie lęgowym obszar zasiedla około 10% populacji krajowej podróżniczka i co najmniej 1% populacji krajowej bielika i kani czarnej, a w stosunkowo wysokiej liczebności występują kania ruda i błotniak stawowy. W okresie wędrówek występuje co najmniej 1% populacji szlaku wędrówkowego łabędzia Czarnodziobego oraz stosunkowo duże koncentracje osiąga siewka złota.

Dolina Noteci (kod obszaru PLH 300004) o powierzchni ogólnej w granicach województwa kujawsko-pomorskiego 11880,30 ha, (w zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa Szubin: -11046,22 ha) oraz w stanie posiadania nadleśnictwa – 863,58 ha (w większości pokrywające się z obszarem Natura 2000 Dolina Środkowej Noteci i Kanału Bydgoskiego).

Obszar obejmuje fragment doliny Noteci na zachód od Bydgoszczy do miejscowości Wieleń. W dolinie występują torfowiska niskie z fragmentami zalewowych łąk i trzcinowisk z licznymi zakrzewieniami i zadrzewieniami. Na zboczach doliny występują murawy kserotermiczne. Obszar obejmuje uroczysko Borek z rezerwatem przyrody Borek i chronionymi siedliskami przyrodniczymi. Dno doliny przecinają kanały i rowy odwadniające sztucznego pochodzenia oraz występują liczne starorzecza i wypełnione wodą doły potorfowe; miejscami występują płaty zbiorowisk łęgowych. Większość łąk jest sukcesywnie użytkowana.

Lisi Kąt (kod obszaru PLH 040026) o powierzchni ogólnej 1061,30 ha, w stanie posiadania nadleśnictwa 171,74 ha. Obszar ten obejmuje boczną dolinę łączącą się z doliną rzeki Noteć odwadnianej przez Kanał Dębogórski. Dominujące gleby torfowe występują na kredzie jeziornej zalegającej na głębokości 20-30 m. W chwili obecnej po osuszeniu terenu większą część omawianego terenu zajmują zbiorowiska łąkowe; okoliczne miejscowości położone są na zwydmionych utworach piaszczystych. Występują tu głównie zbiorowiska nieleśne - łąki, grunty orne i szuwary, a większość łąk użytkowana jest rolniczo (wykaszane); na niewielkich fragmentach występują lasy łęgowe.

Łąki Trzęślicowe w Foluszu (kod obszaru PLH 040027) o powierzchni ogólnej 2130,80 ha, w stanie posiadania nadleśnictwa 231,68 ha.

Obszar ten obejmuje duży kompleks łąk świeżych i wilgotnych w Dolinie Środkowej Noteci, zbiorowisk łęgowych, torfowisk niskich porośniętych turzycowiskami i łozowiskami oraz roślinnością kserotermiczną na wydmach.

Ostoja Barcińsko-Gąsawska (kod obszaru PLH 040028) o powierzchni ogólnej 3456,40 ha, w stanie posiadania nadleśnictwa 0,81 ha. Większość obszaru położona jest poza zasięgiem terytorialnym nadleśnictwa; obejmuje on rynnę z jeziorami połączonymi rzekami Gąsawką i Notecią (nad Jeziorem Wolickim) z występującymi płatami torfowisk przejściowych.

Równina Szubińsko-Łabiszyńska  (kod obszaru PLH 040029) o powierzchni ogólnej 2826,90 ha - w zasięgu terytorialnym nadleśnictwa - 1385,34 ha i w stanie posiadania nadleśnictwa 253,23 ha. Obszar ten obejmuje naturalną dolinę Noteci pomiędzy Rzywnem koło Łabiszyna oraz Występem koło Nakła nad Notecią - składa się z dwóch części. Większość obszaru zagospodarowana jest jako łąki na glebach organicznych - torfach i murszach.

Solniska Szubińskie (kod obszaru PLH 040030) o powierzchni ogólnej 361,90 ha; w stanie posiadania nadleśnictwa - 1,30 ha. Obszar ten to rozległy kompleks naturalnie słonych łąk zlokalizowanych między miejscowościami Słonawy i Pińsko. Jest on naturalnym przedłużeniem Obszaru Chronionego Krajobrazu Jezior Żnińskich.

Praktycznie ochrona obszaru w ramach sieci NATURA 2000 nie wyklucza jego gospodarczego wykorzystania. Jednakże każdy plan lub przedsięwzięcie, które może w istotny sposób oddziaływać na obiekt wchodzący w skład sieci, musi podlegać ocenie oddziaływania jego skutków na ochronę obiektu i konsultacji z Regionalnym Dyrektorem Ochrony Środowiska w Bydgoszczy.