Zgodnie z art 46.1.2 Ustawy o ochronie przyrody ochrona gatunkowa ma na celu zapewnienie przetrwania i właściwego stanu ochrony dziko występujących na terenie kraju lub innych państw członkowskich Unii Europejskiej rzadkich, endemicznych, podatnych na zagrożenia i zagrożonych wyginięciem oraz objętych ochroną na podstawie przepisów umów międzynarodowych, których Rzeczpospolita Polska jest stroną, gatunków roślin, zwierząt i grzybów oraz ich siedlisk i ostoi, a także zachowanie różnorodności gatunkowej i
genetycznej.

Lista wybranych chronionych gatunków w Nadleśnictwie Szubin:

• grzyby wraz z porostami: płucnica islandzka, rodzaj chrobotki, miękusz szafranowy ,
• mszaki: płonnik pospolity, torfowce,
• rośliny nasienne: lilia złotogłów, bobrek trójlistkowy, czosnek niedźwiedzi, kocanki piaskowe, kosaciec syberyjski, wawrzynek wilczełyko, starodub łąkowy,
• owady: mrówka rudnica, mrówka ćmawa, 
• płazy: żaba moczarowa, traszka zwyczajna, kumak nizinny ropucha szara, ropucha zielona,
• gady: żmija zygzakowata, zaskroniec, padalec, jaszczurka zwinka, jaszczurka żyworodna,
• ptaki: bocian czarny, bielik, jastrząb, gągoł, lelek, derkacz, żuraw, nurogęś, kania ruda, bąk, bączek, dzęcił czarny, dzięcioł średni, dzięciołek,
• ssaki: bóbr europejski, jeż europejski, wilk szary, wiewiórka pospolita, ryjówka aksamitna, kret, 

Nadleśnictwo zarządzające mieniem Skarbu Państwa stosuje wymagania dobrej praktyki w zakresie gospodarki leśnej, które uwzględniają potrzebę zapobiegania:

1) w odniesieniu do gatunków wymienionych w załączniku IV dyrektywy Rady 92/43/EWG z dnia 21 maja 1992 r. w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory w ich naturalnym zasięgu:

a) celowemu chwytaniu lub zabijaniu dziko występujących okazów tych gatunków,

b) celowemu niepokojeniu okazów tych gatunków, w szczególności w okresie rozrodu, wychowu młodych, snu zimowego i migracji,

c) celowemu niszczeniu lub wybieraniu jaj okazów tych gatunków,

d) pogarszaniu stanu lub niszczeniu terenów rozrodu lub odpoczynku okazów tych gatunków,

e) celowemu zrywaniu, zbieraniu, ścinaniu, wyrywaniu lub niszczeniu dziko występujących roślin w naturalnym zasięgu okazów tych gatunków;

2) w odniesieniu do chronionych gatunków ptaków:

a) umyślnemu zabijaniu okazów tych gatunków,

b) umyślnemu niszczeniu lub uszkadzaniu gniazd i jaj okazów tych gatunków lub usuwaniu ich gniazd,

c) umyślnemu płoszeniu tych ptaków, w szczególności w okresie lęgowym i wychowu młodych, jeżeli mogłoby to wpłynąć na zachowanie właściwego stanu ochrony gatunku tych ptaków.

Poniżej w załącznikach) zamieszczamy rozporządzenie w sprawie wymagań dobrej praktyki w zakresie gospodarki leśnej, zachęcamy do zapoznania się z jego treścią.